Відстеження варіантів SARS-COV-2 за допомогою нанопорового секвенування в Україні влітку 2021 року

530

Восени 2021 р. Україна вступила в третю хвилю підйому COVID-19. Використання геномної епідеміології в реальному часі дозволяє відстежувати  циркуляцію варіантів вірусу SARS-CoV-2 у світі, таким чином надаючи інформацію для прийняття рішень у сфері громадського здоров’я, зокрема щодо впровадження обмежень на поїздки та стратегій вакцинації. Проте недостатній потенціал для генетичного секвенування в Україні та інших країнах із низьким і середнім рівнем доходу обмежує можливості для подібних аналізів. В цій публікації ми повідомляємо про секвенування 24 геномів SARS-CoV-2, отриманих із зразків носоглоткових змивів пацієнтів, у м. Києві, в липні 2021 р., за технологією NGS (Next Generation Sequencing) на приладі Oxford Nanopore MinION. Наші результати було інтегровано у базу даних GISAID глобального молекулярно-епідеміологічного нагляду, забезпечуючи, таким чином, інформаційну базу для майбутніх рішень у сфері охорони здоров’я в Україні.

Разом з іншими опублікованими українськими геномами SARS-COV-2, секвенованими переважно за кордоном, наші дані свідчать про те, що у 2-ій хвилі COVID-19 в Україні (лютий-квітень 2021 р.) домінував варіант Alpha SARS-CoV-2 (варіант, що викликає занепокоєння – VOC), тоді як на початку 3-ої хвилі домінуючим був варіант Delta (VOC). Крім того, проведений нами філогеографічний аналіз показав, що варіант Delta був завезений в Україну влітку 2021 р. з кількох різних місць світу, причому більшість інтродукцій  було з країн Центральної та Східної Європи.

Загалом в Україні виявлено 4 провідні лінії SARS-CoV-2: B.1 та її підлінії, B.1.1 та її підлінії, варіант Alpha (включаючи послідовність, подібну до B.1.1.7 з мутацією E484K) і варіант Delta (9 підліній:AY.4, AY.5, AY.11, AY.16, AY.23, AY.24, AY.26, AY.33 та AY.36). Поширеність ліній вірусу змінювалася протягом епідемії відповідно до 4 тривалих часових рамок: «передхвиля» (з березня по 31 серпня 2020 р.), «хвиля» 1″ (з 01.09.2020 по 31.01.2021), де домінували B.1 та B.1.1, «хвиля 2» (01.02.2021 – 09.06.2021) з домінуванням Alpha VOC та «хвиля 3» (10.06.2021 – 30.09.2021) з домінуванням Delta VOC.

За результатами секвенування РНК вірусів SARS-CoV-2, отриманих у м. Києві в липні 2021 р., показана одночасна циркуляція 2 варіантів вірусів VOC: Delta VOC (подібний до B.1.617.2) (n=21) і Alpha VOC (подібний до B.1.1.7) (n=3). У деяких досліджуваних вірусів виявлено мутації (E484K, N501S) та делецію (Y144), що здатні впливати на біологічні властивості вірусів SARS-CoV-2 (уникнення специфічних антитіл, підвищення спорідненості зв’язування RBD-ACE2).

Дане дослідження підкреслює необхідність широкомасштабного геномного секвенування SARS-CoV-2, яке повинно стати обов’язковою частиною епідеміологічного нагляду, щоб забезпечити більш ефективну реакцію системи охорони здоров’я щодо прийняття рішень у сфері охорони здоров’я.

Переглянути статтю можна перейшовши за посиланням